L'animation des commissions locales permet une actualisation des problématiques locales. Elle permet notamment de mettre à jour en continu la situation des exploitations agricoles exploitant des terres en bordure de littoral. Ainsi les 320 exploitations ayant au moins une parcelle à moins de 500 mètres des zones conchylicoles présentent une production majoritairement bovine.

Bovins, ovins, caprins Bovins, ovins ou caprins
+ HORS SOL         
 HORS SOL (porcs, volaille, …)  
 Grandes Cultures, maraîchage (pas d’animaux) Autres (chevaux, double activité, poulets vente directe, petits fruits, …)
pourcentage d'exploitations 69% 5% 7% 17% 2%

Les besoins et problématiques professionnelles locales sont identifiées lors de réunions de commissions et remontées vers les structures professionnelles compétentes (Chambre d'agriculture, SRC, syndicats, CUMA, groupes de développement.

Certaines actions peuvent aussi être traitées directement par CAP 2000. L'objectif est avant tout d'éviter les doublons entre les structures.

Ainsi, la problématique des bâtiments d'exploitation agricoles avec élevage bovin en bordure de littoral a été traité par le Groupe Paritaire agriculteurs/conchyliculteurs en proposant la possibilité d'implanter des systèmes de traitement des effluents bovins dilués en bordure de littoral, plutôt qu'un stockage coûteux et peu fonctionnel.

le maintien des sièges en bordure de littoral permet la plupart du temps un maintien du pâturage en zone difficile plutôt qu'une mise en culture de  parcelles des exploitations ayant leur siège éloigné.

D'autres sujets comme le morcellement des parcellaires, les conflits d'usage entre professionnels et riverains, des constats de pollutions bactériologiques sont également identifiés.